本分署由分署長及副分署長帶領之下，共分為綜合企劃科、園藝產業科、稻作產業科、雜糧特作科、農業資源科、秘書室、人事室、政風室、主計室等課室，並於宜蘭及臺東分別設立宜蘭辦事處及臺東辦事處，於當地提供服務。