本分署由分署長及副分署長帶領之下，共分為作物生產課、農業資材課、運銷加工課、糧食儲運課、糧食產業課、主計室、政風室、人事室、秘書室等課室，並於臺東及宜蘭分別設立臺東辦事處及宜蘭辦事處，於當地提供服務。