本分署前身為台灣省政府糧食處所屬機關，為糧政業務執行機關，於民國88年7月1日依台灣省政府功能業務組織調整暫行條例第5條第2項規定，改隸為行政院農業委員會東區糧食管理處，復於93年1月30日改制為行政院農業委員會農糧署東區分署，為配合行政院組織改造，本分署自112年8月1日起更名為「農業部農糧署東區分署」。

本分署轄區含括花蓮、宜蘭、臺東３縣市，所轄範圍南北狹長，全境長達300餘公里，因此，為及時有效服務農民，提供最佳服務品質，另於宜蘭、臺東２縣市置辦事處，在本分署指揮監督下，負責執行宜蘭縣、臺東縣內各項農糧業務。